【讨论】肺炎克雷伯菌MLST分型的经验及问题
园子里好像临床微生物我帖子不是很多,之前刚开始做肺克的MLST分型时还是比较迷茫的,搜了园子里的帖子好像大部分都是求助的,现在我的MLST分型已经做完了,把实验方法和一些经验总结了下(txt文档中),实验过程中也遇到一点问题,如果有同样在做实验的大侠们能指点下。
在网站的klebsiella pneumoniae版块可以查看推荐的7个管家基因引物序列。一开始我选了一株肺克扩增mdh基因做预实验,怎么都扩增不出产物,以为是体系或是扩增条件的问题,摸了很多次条件,结果还是一样,后来选了其它几株肺克按照附件的体系和扩增条件都扩增出来了,回收测序效果很好,但是就之前那株菌还是不行。后来进行了其它6个基因的扩增,这株菌只有pgi和phoE扩增并测序成功了,其它基因都不行。考虑到模板冻融过多次可能存在问题,所以重新提了模板,之后出了mdh基因其它都扩增并测序成功了。我总共做了80多株菌的MLST分型,其中pgi和phoE基因都是一次性扩增测序成功的,还有很多菌株,尤其是gapA和mdh这两个基因很难扩增测序成功,很想知道原因,有大侠研究过吗?不过大部分菌株通过重新提取模板,复做实验还是得到较为满意的结果。还有一点是,对于mdh基因,测序时用正向引物测序效果要比反向测序效果好,用反向引物进行测序好像会出现一些gap或是mismatch,这一点我也想知道为什么。。。。
2025-12-26 12:26 点击量:4